Início da cooperação entre a United States Agency for International Development (USAID) e a State University of New York (SUNY). O enfoque era a capacitação de indivíduos e instituições brasileiras na área de meio ambiente por meio de fomento para a realização de cursos e pesquisas dentro e fora do país.
Início da parceria com o World Wildlife Fund (WWF-US). O SUNY Brazil ADC Training é incorporado ao Programa Natureza e Sociedade, do WWF Brasil, que já oferecia apoios para pesquisas de pós-graduação. Ao SUNY Brazil coube a gestão das modalidades de apoio - Treinamento a Longo Prazo e Bolsa Aperfeiçoamento.
Formalização do IEB como uma organização não-governamental em conseqüência da necessidade de dar uma forma institucional às ações realizadas pela cooperação USAID/SUNY/WWF-US.
Parceria para a execução do Programa de Apoio ao Desenvolvimento Institucional e Sustentável – PADIS.
O apoio da Embaixada do Reino dos Países Baixos estendeu-se para a criação dos programas PRONEGÓCIOS e MUDACLIMA. Assegurou também apoio ao fortalecimento institucional ao IEB e à continuação do PADIS.
Essa parceria, precursora do próprio instituto, garantiu ao IEB um importante acúmulo de conhecimento e uma vasta experiência com o desenvolvimento de capital humano na área ambiental no Brasil.
Um dos três consórcios selecionados pelo edital da USAID para atuação nos seguintes eixos: manejo florestal, comunidades e mercados, e planejamento de paisagens. O Consórcio ALFA é liderado pelo IEB e formado por seis outras organizações com longa atuação na área ambiental no Brasil. É a primeira vez que ONGs brasileiras recebem recursos diretamente da USAID sem intermediários.
O IEB duplica seu quadro de colaboradores, passa a funcionar em novo espaço em Brasília e abre escritório em Belém. Dessa forma, a Instituição passa a sentir a necessidade de voltar-se para dentro e elaborar suas políticas internas de recursos humanos, acreditando que fortalecer-se institucionalmente é primordial. Além disso, os esforços para a captação de recursos se intensificam.
O IEB sistematizou experiências acumuladas e avaliou as lições aprendidas com o projeto. Decisão estratégica de suspender por um tempo os programas de negócios sustentáveis e mudanças climáticas e de criar condições para a continuidade do PADIS com enfoque territorial regionalizado. Foi realizado um mapeamento político-institucional do sul do Amazonas por ter sido identificado como uma área prioritária para futuras ações do IEB, considerando sua alta vulnerabilidade em função do avanço da fronteira agrícola. Em seguida o Instituto iniciou uma busca pró-ativa por doadores interessados em investir recursos na replicação do PADIS naquela região.
Dentro da Estratégia da USAID para a Bacia Amazônica (ABCI) o IEB consegue aprovação de sua proposta de fortalecimento institucional para o sul do Amazonas pelo período de cinco anos, liderando um consórcio, FORTIS, formado por quatro instituições. Com apoio da ABCI, o Instituto também é uma das organizações parceiras do consórcio Paisagens Indígenas, liderado pela TNC.
O Instituto recebeu o Prêmio Ford Motor Company de Conservação Ambiental, na categoria ciência e formação de recursos humanos; e o Prêmio Chico Mendes de Meio Ambiente, segundo lugar na categoria organização não-governamental.
Em dezembro de 2008, o IEB reuniu parceiros, doadores, bolsistas, cursistas, colaboradores e amigos para comemorar seus 10 anos de história. Mais de 100 pessoas estiveram no escritório Brasília para brindar com a equipe e prestigiar a festa. Na ocasião foi lançado o livro IEB 10 anos de História, que retrata por meio de fatos históricos, a trajetória, as dificuldades e as conquistas da instituição.
A partir do ano 2000, o Instituto iniciou um trabalho voltado à organização e publicação de títulos de relevância para a área socioambiental, que dificilmente encontrariam outros canais para a sua publicação e difusão.
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